Biochemistry · 3/3
基質レベルのリン酸化;クエン酸回路の反応と制御;クエン酸の供給源;ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体
Substrate-level phosphorylation; reactions and control of the citric acid cycle; sources of citrate; the pyruvate dehydrogenase complex — L I
🧠 クエン酸回路citric acid cycle (TCA cycle)クエン酸回路(citric acid cycle (TCA cycle))citric acid cycle (TCA cycle)(クエン酸回路)は「アセチルCoAを完全酸化して還元当量Reducing equivalents還元当量(Reducing equivalents)Reducing equivalents(還元当量)(NADH・FADH₂)を稼ぐ回転盤」で、PDH複合体が入口の関所、と読む。 ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体pyruvate dehydrogenase complex (PDHc)ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体(pyruvate dehydrogenase complex (PDHc))pyruvate dehydrogenase complex (PDHc)(ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体)でピルビン酸→アセチルCoA、回路で還元当量Reducing equivalents還元当量(Reducing equivalents)Reducing equivalents(還元当量)とGTP(基質レベルのリン酸化substrate-level phosphorylation基質レベルのリン酸化(substrate-level phosphorylation)substrate-level phosphorylation(基質レベルのリン酸化))を作る。PDHc・IDH・KGDHが調節点。回路は分解と合成が交わる両向性amphibolic両向性(amphibolic)amphibolic(両向性)。
基質レベルのリン酸化
基質レベルのリン酸化substrate-level phosphorylation基質レベルのリン酸化(substrate-level phosphorylation)substrate-level phosphorylation(基質レベルのリン酸化)は、酸素も電子伝達系electron transport chain電子伝達系(electron transport chain)electron transport chain(電子伝達系)も使わず、高エネルギー中間体から直接ADP(またはGDP)にリン酸を渡してATP(GTP)を作る反応。
- 解糖:ホスホグリセリン酸キナーゼphosphoglycerate kinaseホスホグリセリン酸キナーゼ(phosphoglycerate kinase)phosphoglycerate kinase(ホスホグリセリン酸キナーゼ)、ピルビン酸キナーゼpyruvate kinaseピルビン酸キナーゼ(pyruvate kinase)pyruvate kinase(ピルビン酸キナーゼ)の2か所。
- クエン酸回路citric acid cycle (TCA cycle)クエン酸回路(citric acid cycle (TCA cycle))citric acid cycle (TCA cycle)(クエン酸回路):succinyl-CoA → succinate(スクシニルCoAリガーゼsuccinyl-CoA ligase (succinate thiokinase)スクシニルCoAリガーゼ(succinyl-CoA ligase (succinate thiokinase))succinyl-CoA ligase (succinate thiokinase)(スクシニルCoAリガーゼ) / succinyl-CoA synthetase / succinate thiokinase)で GTP(またはATP)を生成。
💡 スクシニルCoAリガーゼsuccinyl-CoA ligase (succinate thiokinase)スクシニルCoAリガーゼ(succinyl-CoA ligase (succinate thiokinase))succinyl-CoA ligase (succinate thiokinase)(スクシニルCoAリガーゼ)にはGTP型とATP型がある。 GTP産生型(SUCLG2)とATP産生型があり、組織で使い分ける。ヒト脳ではSUCLA2がニューロンに特異的に発現。ヌクレオシド二リン酸キナーゼnucleoside diphosphate kinase (NDPK)ヌクレオシド二リン酸キナーゼ(nucleoside diphosphate kinase (NDPK))nucleoside diphosphate kinase (NDPK)(ヌクレオシド二リン酸キナーゼ)でGTP↔ATP変換もされる。
ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体
PDHc は、解糖の産物ピルビン酸を不可逆的にアセチルCoAへ変換し、クエン酸回路citric acid cycle (TCA cycle)クエン酸回路(citric acid cycle (TCA cycle))citric acid cycle (TCA cycle)(クエン酸回路)の入口を作る。
⭐ PDHが活性 = TCAのアセチルCoAはグルコース(or乳酸)由来。PDHが不活性 = 脂肪酸β酸化fatty acid beta-oxidation脂肪酸β酸化(fatty acid beta-oxidation)fatty acid beta-oxidation(脂肪酸β酸化)・ケトン体由来。 PDHの活性状態active state活性状態(active state)active state(活性状態)が「今どの燃料を燃やしているか」を示す。飢餓starvation飢餓(starvation)starvation(飢餓)では不活性化してピルビン酸を糖新生に回す。
PDHcの調節
| 調節 | 内容 |
|---|---|
| リン酸化/脱リン酸化dephosphorylation脱リン酸化(dephosphorylation)dephosphorylation(脱リン酸化) | PDHキナーゼPDH kinase (PDK)PDHキナーゼ(PDH kinase (PDK))PDH kinase (PDK)(PDHキナーゼ)がリン酸化して不活性化、PDHホスファターゼPDH phosphatase (PDP)PDHホスファターゼ(PDH phosphatase (PDP))PDH phosphatase (PDP)(PDHホスファターゼ)が脱リン酸化dephosphorylation脱リン酸化(dephosphorylation)dephosphorylation(脱リン酸化)して活性化 |
| アロステリックallostericアロステリック(allosteric)allosteric(アロステリック) | 産物(アセチルCoA・NADH)が阻害、基質・ADPが活性化 |
| Ca²⁺ | PDP1を活性化(筋収縮時contracted state収縮時(contracted state)contracted state(収縮時)) |
| 転写調節transcriptional regulation転写調節(transcriptional regulation)transcriptional regulation(転写調節) | PDK4の発現はインスリン(FOXO経由で抑制)、絶食で誘導 |
💡 PDKによるリン酸化=不活性化(enzyme_2の逆パターンに注意)。 アセチルCoA・NADHが多い(=エネルギー・脂肪酸が十分)とPDKが働きPDHを止める。ピルビン酸・ADPが多い(=糖を燃やしたい)とPDKが抑えられPDHが働く。
クエン酸回路の反応
アセチルCoA(C2)がオキサロ酢酸oxaloacetateオキサロ酢酸(oxaloacetate)oxaloacetate(オキサロ酢酸)(C4)と縮合condensation縮合(condensation)condensation(縮合)してクエン酸(C6)を作り、2回の脱炭酸decarboxylation脱炭酸(decarboxylation)decarboxylation(脱炭酸)で2 CO₂を放出しながらオキサロ酢酸oxaloacetateオキサロ酢酸(oxaloacetate)oxaloacetate(オキサロ酢酸)に戻る。1回転で 3 NADH・1 FADH₂・1 GTP・2 CO₂ を生む。
flowchart TD
A["アセチルCoA(C2)"] --> B["クエン酸(C6)<br>citrate synthase(CS)"]
B --> C["イソクエン酸"]
C --> D["α-<span class='jp-term jp-term-diagram' title='alpha-ketoglutarate (α-KG)'>ケトグルタル酸</span>(C5)<br>IDH:NADH+CO₂"]
D --> E["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='succinyl-CoA'>スクシニルCoA</span>(C4)<br>KGDHC:NADH+CO₂"]
E --> F["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='succinic acid'>コハク酸</span> succinate<br>SUCL:GTP(基質レベル)"]
F --> G["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='fumarate'>フマル酸</span><br>SDH:FADH₂(複合体II)"]
G --> H["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='malate'>リンゴ酸</span>"]
H --> I["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='oxaloacetate'>オキサロ酢酸</span> OAA<br>MDH:NADH"]
I --> B
調節される3酵素
| 酵素 | 特徴 |
|---|---|
| クエン酸シンターゼcitrate synthaseクエン酸シンターゼ(citrate synthase)citrate synthase(クエン酸シンターゼ)(CS) | 入口の縮合condensation縮合(condensation)condensation(縮合) |
| イソクエン酸デヒドロゲナーゼisocitrate dehydrogenase (IDH)イソクエン酸デヒドロゲナーゼ(isocitrate dehydrogenase (IDH))isocitrate dehydrogenase (IDH)(イソクエン酸デヒドロゲナーゼ) | NAD⁺依存、多くの組織で回路の律速段階rate-limiting step律速段階(rate-limiting step)rate-limiting step(律速段階)、不可逆、Ca²⁺で活性化。PDHと構造は似るがキナーゼ/ホスファターゼによる調節はない |
| α-ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ複合体alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex (KGDHC)α-ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ複合体(alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex (KGDHC))alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex (KGDHC)(α-ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ複合体) | PDHcに類似、NADH・スクシニルCoAsuccinyl-CoAスクシニルCoA(succinyl-CoA)succinyl-CoA(スクシニルCoA)で阻害、Ca²⁺で活性化 |
- コハク酸デヒドロゲナーゼsuccinate dehydrogenase (SDH)コハク酸デヒドロゲナーゼ(succinate dehydrogenase (SDH))succinate dehydrogenase (SDH)(コハク酸デヒドロゲナーゼ) は複合体IIとして電子伝達系electron transport chain電子伝達系(electron transport chain)electron transport chain(電子伝達系)にも属し、FADH₂を生じる(回路と膜の接点)。
クエン酸の供給源と両向性
回路の中間体は分解だけでなく合成にも使われる(両向性amphibolic両向性(amphibolic)amphibolic(両向性))。中間体が抜けると補充(アナプレローシスanaplerosisアナプレローシス(anaplerosis)anaplerosis(アナプレローシス))が必要。
- アセチルCoAの供給源: ピルビン酸(PDH、糖・乳酸由来)、脂肪酸β酸化fatty acid beta-oxidation脂肪酸β酸化(fatty acid beta-oxidation)fatty acid beta-oxidation(脂肪酸β酸化)、ケトン体、アミノ酸。
- アナプレローシスanaplerosisアナプレローシス(anaplerosis)anaplerosis(アナプレローシス): ピルビン酸カルボキシラーゼpyruvate carboxylaseピルビン酸カルボキシラーゼ(pyruvate carboxylase)pyruvate carboxylase(ピルビン酸カルボキシラーゼ)(pyruvate → OAA)、グルタミン酸→α-ケトグルタル酸alpha-ketoglutarate (α-KG)ケトグルタル酸(alpha-ketoglutarate (α-KG))alpha-ketoglutarate (α-KG)(ケトグルタル酸)、アスパラギン酸aspartateアスパラギン酸(aspartate)aspartate(アスパラギン酸)→OAA など。
- クエン酸は細胞質に出て脂肪酸合成のアセチルCoA源にもなる。
⭐ 低酸素ではKGDHCが回路の向きを左右する。 酸素不足時は回路が通常どおり回れず、α-ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ複合体alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex (KGDHC)α-ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ複合体(alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex (KGDHC))alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex (KGDHC)(α-ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ複合体)が回路の方向を決める鍵になる(Chinopoulosの研究)。両向性amphibolic両向性(amphibolic)amphibolic(両向性)ゆえ、状況で回路の使われ方が変わる。
まとめ
- 基質レベルのリン酸化substrate-level phosphorylation基質レベルのリン酸化(substrate-level phosphorylation)substrate-level phosphorylation(基質レベルのリン酸化)はスクシニルCoAsuccinyl-CoAスクシニルCoA(succinyl-CoA)succinyl-CoA(スクシニルCoA)→コハク酸succinic acidコハク酸(succinic acid)succinic acid(コハク酸)でGTP(またはATP)を作る(酸素不要)。
- PDHcはピルビン酸→アセチルCoA(不可逆)。PDKリン酸化で不活性化、PDP・Ca²⁺で活性化。PDH活性は「糖を燃やしているか」の指標。
- TCA1回転で3 NADH・1 FADH₂・1 GTP・2 CO₂。
- 調節点はCS・IDH(多くの組織の律速)・KGDHC。SDHは複合体IIも兼ねる。
- 回路は両向性amphibolic両向性(amphibolic)amphibolic(両向性)で、抜けた中間体はアナプレローシスanaplerosisアナプレローシス(anaplerosis)anaplerosis(アナプレローシス)(ピルビン酸カルボキシラーゼpyruvate carboxylaseピルビン酸カルボキシラーゼ(pyruvate carboxylase)pyruvate carboxylase(ピルビン酸カルボキシラーゼ)等)で補充。