生物物理学 · 23.01
水の構造と性質
Structure and properties of water
🧠 水の特殊性は「曲がった極性分子 polar molecule 極性分子(polar molecule) polar molecule(極性分子) が、方向性のある水素結合網 hydrogen-bond network 水素結合網(hydrogen-bond network) hydrogen-bond network(水素結合網) を作る」ことから始まる。 この構造が溶解性 solubility溶解性(solubility) solubility(溶解性)、熱容量、表面張力surface tension表面張力(surface tension)surface tension(表面張力)、氷の低密度など生命に重要な性質を生む。
水分子の極性と水素結合網 hydrogen-bond network 水素結合網(hydrogen-bond network) hydrogen-bond network(水素結合網) は、水の異常な性質で扱う密度異常や高い熱容量の共通原因となる。また、水が非極性 Nonpolar 非極性(Nonpolar) Nonpolar(非極性) 基の会合を促すことはタンパク質を安定化する疎水性効果 hydrophobic effect疎水性効果(hydrophobic effect) hydrophobic effect(疎水性効果)の基盤である。
分子構造と極性
H₂OではO原子の周囲に2本のO–H結合と2組の孤立電子対があり、電子対配置はほぼ正四面体状、分子は折れ線形構造をとる。Oの電気陰性度 electronegativity 電気陰性度(electronegativity) electronegativity(電気陰性度) が高いためO側が、H側がとなり、永久双極子モーメントdipole moment 永久双極子モーメント(dipole moment)dipole moment(永久双極子モーメント) をもつ。
flowchart TD
A["折れ線形の分子構造"] --> B["O–H結合の<span class='jp-term jp-term-diagram' title='dipole'>双極子</span>が<span class='jp-term jp-term-diagram' title='cancellation'>相殺</span>されない"]
B --> C["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='polar molecule'>極性分子</span>"]
C --> D["分子間水素結合"]
D --> E["動的な<span class='jp-term jp-term-diagram' title='tertiary'>三次</span>元<span class='jp-term jp-term-diagram' title='fishnet'>網目</span>構造"]
E --> F["水の特殊な物性"]
1分子は理想的には2個の供与部位と2個の受容部位 acceptor site 受容部位(acceptor site) acceptor site(受容部位) をもち、四面体配置では周囲と4本の水素結合を形成できる。ただし液体水は固定した四面体格子ではなく、多様な局所配置が共存する。局所揺らぎはフェムト秒、集団的再編成はピコ秒程度までの複数時間尺度で進む動的な網目 fishnet 網目(fishnet) fishnet(網目) 構造である。1 2
| 性質 | 分子論的基盤 |
|---|---|
| 高い比熱・蒸発evaporation 蒸発(evaporation)evaporation(蒸発) 熱 | 水素結合を切るのにエネルギーが必要 |
| 高い誘電率 permittivity誘電率(permittivity) permittivity(誘電率) | 双極子dipole 双極子(dipole)dipole(双極子) が電荷を遮蔽 shield 遮蔽(shield) shield(遮蔽) する |
| イオン・極性物質の溶解 | 水和殻hydration shell 水和殻(hydration shell)hydration shell(水和殻) 形成 |
| 疎水性効果hydrophobic effect疎水性効果(hydrophobic effect)hydrophobic effect(疎水性効果) | 非極性Nonpolar 非極性(Nonpolar)Nonpolar(非極性) 面周囲の水素結合網 hydrogen-bond network 水素結合網(hydrogen-bond network) hydrogen-bond network(水素結合網) 再編 |
💡 水は単なる背景溶媒ではなく、タンパク質フォールディングprotein foldingタンパク質フォールディング(protein folding)protein folding(タンパク質フォールディング)、膜形成membrane formation膜形成(membrane formation)membrane formation(膜形成)、分子認識へ能動的に寄与する。
まとめ
- 水は折れ線形構造をもつ極性分子 polar molecule 極性分子(polar molecule) polar molecule(極性分子) である。
- 分子間水素結合が動的な網目 fishnet 網目(fishnet) fishnet(網目) 構造を形成する。
- 水の熱的・電気的・溶媒的性質はこの網目 fishnet 網目(fishnet) fishnet(網目) 構造から生じる。
出典
- 1.Water in the half shell: structure of water, focusing on angular structure and solvation(Accounts of Chemical Research・2010)水の極性、水素結合供与・受容能、溶媒特性と生体高分子への寄与閲覧 2026-08-21
- 2.Local hydrogen bonding dynamics and collective reorganization in water: ultrafast infrared spectroscopy of HOD/D2O(The Journal of Chemical Physics・2005)液体水の局所水素結合揺らぎと集団再編成が複数の時間尺度をもつこと閲覧 2026-08-21