Medical Microbiology · 5/29

感染性検体：採取・搬送・検査手順の基本ルール

Infectious specimens: basic rules of sample collection, transport, and laboratory procedures

検査値: 核酸増幅検査

🧠 感染症検体の扱いは、その後どれほど精密な検査を行っても取り返せない「最初のボトルネック」である。 採取時に常在細菌叢microbiota常在細菌叢（microbiota）microbiota（常在細菌叢）の混入を避け、搬送・保存の温度と時間を守らなければ、培養も血清学も分子生物学的検査molecular methods分子生物学的検査（molecular methods）molecular methods（分子生物学的検査）も正しい答えを返せない。本トピックは「①検体ごとの採取ルール」「②保存・搬送の条件」「③検体到着後に検査室内でどの経路をたどるか」という3層で整理すると全体像がつかみやすい。

検体採取の基本原則

採取の最優先事項は、常在細菌叢microbiota常在細菌叢（microbiota）microbiota（常在細菌叢）や他の細菌による汚染を避けること。

検体別の採取ルール

検体	採取のポイント
咽頭ぬぐい液pharyngeal swab咽頭ぬぐい液（pharyngeal swab）pharyngeal swab（咽頭ぬぐい液）	食事の前後2時間を避けて採取する
尿	中間尿clean-catch midstream urine中間尿（clean-catch midstream urine）clean-catch midstream urine（中間尿）——外陰部vulva外陰部（vulva）vulva（外陰部）・尿道口を清拭後、排尿開始部分はトイレに廃棄し、中間部pars intermedia中間部（pars intermedia）pars intermedia（中間部）分のみを容器に採取して汚染を避ける
血液	静脈穿刺部位puncture site穿刺部位（puncture site）puncture site（穿刺部位）に消毒薬disinfectant消毒薬（disinfectant）disinfectant（消毒薬）を使用し、手袋を着用して採取する
脳脊髄液	解剖学的部位を消毒薬disinfectant消毒薬（disinfectant）disinfectant（消毒薬）で清拭してから採取する
便	容器の1/3程度を、水・便器表面・土に触れていない便で満たす
嫌気性検体	嫌気性搬送培地transport medium搬送培地（transport medium）transport medium（搬送培地）または気密シリンジに採取する

保存と搬送

可能な限り速やかに検査室へ搬送するのが原則。
保存は室温で最大2時間、または4°Cで最大24時間まで。
搬送は搬送培地transport medium搬送培地（transport medium）transport medium（搬送培地）／栄養搬送培地transport medium搬送培地（transport medium）transport medium（搬送培地）を用い、最適な温度を保つ。

⚠️ 冷蔵してはならない検体がある。 細菌性髄膜炎bacterial meningitis細菌性髄膜炎（bacterial meningitis）bacterial meningitis（細菌性髄膜炎）が疑われるCSF（ウイルス性髄膜炎が疑われる場合は逆に冷蔵が必要——同じCSFでも疑う病原体によって扱いが正反対になる点に注意）、血液培養、そして*Neisseria gonorrhoeae*（低温・乾燥に脆弱なため採取後直ちに培地に接種する）は、冷蔵保存の対象外である。

検査室での検体の流れ

検体が検査室に届いた後は、複数の診断経路が並行して進み、最終的に菌種同定species-level identification菌種同定（species-level identification）species-level identification（菌種同定）に収束したのち、さらに2方向へ分岐する。

flowchart TD
    A["検体（感染が疑われる患者由来）"] --> B["血清学的検査<br>抗原検出：分〜時間<br><span class='jp-term jp-term-diagram' title='antibody detection'>抗体検出</span>：時間〜日"]
    A --> C["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='microscopy'>顕微鏡検査</span><br>グラム染色・<span class='jp-term jp-term-diagram' title='special stains'>特殊染色</span>：数分"]
    A --> D["培養：1〜2日<br>非<span class='jp-term jp-term-diagram' title='selective medium'>選択培地</span>（例：普通寒天・血液寒天）<br>選択・鑑別培地（例：<span class='jp-term jp-term-diagram' title='eosin methylene blue agar'>EMB培地</span>）"]
    A --> E["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='molecular methods'>分子生物学的検査</span><br>PCR・MALDI-TOF：数時間〜数日"]
    D --> F["生化学的検査：数分〜1日<br>カタラーゼ・ウレアーゼ・<span class='jp-term jp-term-diagram' title='coagulase'>コアグラーゼ</span>産生など"]
    C --> G["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='species-level identification'>菌種同定</span>"]
    F --> G
    E --> G
    G --> H["型別：数分〜数日<br><span class='jp-term jp-term-diagram' title='phage typing'>ファージ型別</span>・<span class='jp-term jp-term-diagram' title='serotyping'>血清型別</span>・分子タイピング法"]
    G --> I["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='drug susceptibility testing'>薬剤感受性検査</span>：1日<br><span class='jp-term jp-term-diagram' title='disk diffusion method'>ディスク拡散法</span>・E-test・<span class='jp-term jp-term-diagram' title='dilution method'>希釈法</span>"]
    I --> J["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='antibiogram'>アンチバイオグラム</span><br>菌の感受性・耐性の一覧"]

分子生物学的検査molecular methods分子生物学的検査（molecular methods）molecular methods（分子生物学的検査）は、検体または培養菌のいずれからも実施可能で、PCR（polymerase chain reaction, ポリメラーゼ連鎖反応polymerase chain reaction, PCRポリメラーゼ連鎖反応（polymerase chain reaction, PCR）polymerase chain reaction, PCR（ポリメラーゼ連鎖反応））やMALDI-TOF（matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, マトリックス支援レーザー脱離イオン化matrix-assisted laser desorption/ionizationマトリックス支援レーザー脱離イオン化（matrix-assisted laser desorption/ionization）matrix-assisted laser desorption/ionization（マトリックス支援レーザー脱離イオン化）飛行時間型質量分析mass spectrometry質量分析（mass spectrometry）mass spectrometry（質量分析））が代表的手法（詳細は5/33参照）。
型別はN. meningitidisやE. coliなど、亜種subspecies亜種（subspecies）subspecies（亜種）レベルの識別が診療上重要な菌種でのみ行う（詳細は5/32参照）。
薬剤感受性検査drug susceptibility testing薬剤感受性検査（drug susceptibility testing）drug susceptibility testing（薬剤感受性検査）の結果をまとめたものがアンチバイオグラムantibiogramアンチバイオグラム（antibiogram）antibiogram（アンチバイオグラム）——分離菌の抗菌薬感受性・耐性の一覧である。

まとめ

検体採取は常在細菌叢microbiota常在細菌叢（microbiota）microbiota（常在細菌叢）による汚染を避けることが最優先で、検体の種類ごとに固有の採取ルール（清潔操作・中間尿clean-catch midstream urine中間尿（clean-catch midstream urine）clean-catch midstream urine（中間尿）・嫌気性搬送など）がある。
保存は原則「室温2時間まで／4°Cで24時間まで」だが、細菌性髄膜炎bacterial meningitis細菌性髄膜炎（bacterial meningitis）bacterial meningitis（細菌性髄膜炎）疑いのCSF・血液培養・N. gonorrhoeaeは冷蔵してはならない。
検査室では血清学・顕微鏡・培養・分子生物学的検査molecular methods分子生物学的検査（molecular methods）molecular methods（分子生物学的検査）が並行して進み、菌種同定species-level identification菌種同定（species-level identification）species-level identification（菌種同定）に収束したのち、型別と薬剤感受性検査drug susceptibility testing薬剤感受性検査（drug susceptibility testing）drug susceptibility testing（薬剤感受性検査）（→アンチバイオグラムantibiogramアンチバイオグラム（antibiogram）antibiogram（アンチバイオグラム））へ分岐する。
型別と分子生物学的検査molecular methods分子生物学的検査（molecular methods）molecular methods（分子生物学的検査）の詳細はそれぞれ5/32・5/33で扱う。