Genetics · 4.5
常染色体優性遺伝(AD II)
Autosomal dominant inheritance (AD II)
- タグ
- W6Practice / 実習
🧠 前半はハンチントン舞踏病Huntington choreaハンチントン舞踏病(Huntington chorea)Huntington chorea(ハンチントン舞踏病)の症例を通じて表現促進anticipation表現促進(anticipation)anticipation(表現促進)を定量的に体感し、後半はPCRベースの反復配列解析VNTR/STR反復配列解析(VNTR/STR)VNTR/STR(反復配列解析)を法医学forensic medicine法医学(forensic medicine)forensic medicine(法医学)(親子鑑定paternity test親子鑑定(paternity test)paternity test(親子鑑定)・犯罪捜査・家族再統合)に応用する、という2部構成で読む。 どちらも核心は同じ——「反復配列repetitive sequence反復配列(repetitive sequence)repetitive sequence(反復配列)の長さの違い」という同一の分子的性質が、疾患の重症度予測にも、個人識別personal identification個人識別(personal identification)personal identification(個人識別)にも使えるという事実。
症例:ハンチントン舞踏病と表現促進
33歳女性、定型的routine定型的(routine)routine(定型的)な舞踏病chorea (disease)舞踏病(chorea (disease))chorea (disease)(舞踏病)様不随意運動voluntary motor function (voluntary movement)随意運動(voluntary motor function (voluntary movement))voluntary motor function (voluntary movement)(随意運動)——6年前に四肢から発症し、その後体幹・頸部に拡大。睡眠中は消失するが、ストレスで増悪する。姉、父、祖母も40代で同様の不随意運動voluntary motor function (voluntary movement)随意運動(voluntary motor function (voluntary movement))voluntary motor function (voluntary movement)(随意運動)を発症し、10年以内に認知症を伴い進行・死亡——常染色体優性遺伝autosomal dominant, AD常染色体優性遺伝(autosomal dominant, AD)autosomal dominant, AD(常染色体優性遺伝)を示唆する家族歴。
所見: MRIで尾状核caudate nucleus尾状核(caudate nucleus)caudate nucleus(尾状核)・被殻putamen被殻(putamen)putamen(被殻)の萎縮と脳室拡大ventricular enlargement (dilatation)脳室拡大(ventricular enlargement (dilatation))ventricular enlargement (dilatation)(脳室拡大)。臨床症状clinical manifestation臨床症状(clinical manifestation)clinical manifestation(臨床症状):筋緊張低下hypotonia筋緊張低下(hypotonia)hypotonia(筋緊張低下)、構音障害dysarthria構音障害(dysarthria)dysarthria(構音障害)、腱反射亢進hyperreflexia腱反射亢進(hyperreflexia)hyperreflexia(腱反射亢進)、精神状態は正常。遺伝子検査genetic testing遺伝子検査(genetic testing)genetic testing(遺伝子検査)でハンチンチンHuntingtinハンチンチン(Huntingtin)Huntingtin(ハンチンチン)遺伝子に42回を超えるCAGリピートを確認(正常範囲11〜34回、変異型mutant変異型(mutant)mutant(変異型)42回以上)。治療:ハロペリドールhaloperidolハロペリドール(haloperidol)haloperidol(ハロペリドール)(症状をわずかに軽減)。
⭐ 「発症年齢が世代ごとに早まる」現象を家系図pedigree家系図(pedigree)pedigree(家系図)の数字だけで見抜けるか——これが表現促進anticipation表現促進(anticipation)anticipation(表現促進)を理解する試金石。 罹患個体ごとに発症年齢を家系図pedigree家系図(pedigree)pedigree(家系図)に記載すると、世代を追うごとに発症年齢が早まる傾向が読み取れる——これが表現促進anticipation表現促進(anticipation)anticipation(表現促進)であり、表現度expressivity表現度(expressivity)expressivity(表現度)の特殊型として位置づけられる。CAGリピート数(R)が多いほど発症年齢(O:onset)が早い、という量的な相関がその分子基盤(04-1-monogenic-inheritance参照)。
表現促進anticipation表現促進(anticipation)anticipation(表現促進)のパターン読み取り演習: 家系図pedigree家系図(pedigree)pedigree(家系図)で色付きシンボルは罹患者、数字は発症年齢を示す——父親より早く発症する子がいる場合、それが表現促進anticipation表現促進(anticipation)anticipation(表現促進)の直接的な証拠になる。健常な子が存在する可能性(常染色体優性のため、変異アレルを受け継がなければ非罹患)も同時に検討する。
PCRによるリピート伸長の検出
ポリメラーゼ連鎖反応polymerase chain reaction, PCRポリメラーゼ連鎖反応(polymerase chain reaction, PCR)polymerase chain reaction, PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)で、正常アレル(CAGリピート11〜34回)と変異アレル(42回以上)の長さの違いをそのまま検出できる。
💡 マルチプレックスPCR(multiplex PCR)は「1回の反応で複数の標的を同時に増幅する」効率化技術。 異なるプライマー対primer pairプライマー対(primer pair)primer pair(プライマー対)を用いて単一反応内で複数の標的領域を同時増幅する——PCR産物が互いに異なる長さになるよう設計することで、電気泳動後に複数のバンドを区別できる。対立opposition対立(opposition)opposition(対立)遺伝子特異的PCR(allele-specific PCR)の例:BIN1遺伝子のA/Gバリアント識別では、共通配列universal sequence共通配列(universal sequence)universal sequence(共通配列)+対立opposition対立(opposition)opposition(対立)遺伝子特異的プライマーの組み合わせにより、共通PCR産物(767bp)とA対立opposition対立(opposition)opposition(対立)遺伝子特異的産物(308bp)・G対立opposition対立(opposition)opposition(対立)遺伝子特異的産物(492bp)を作り分け、ジェノタイプを判定する。
遺伝子検査の法医学的応用
主な用途: 法医学forensic medicine法医学(forensic medicine)forensic medicine(法医学)的個人識別personal identification個人識別(personal identification)personal identification(個人識別)、親子鑑定paternity test親子鑑定(paternity test)paternity test(親子鑑定)、被害者・容疑者の identification、家族再統合のための検査。
⭐ 法医学forensic medicine法医学(forensic medicine)forensic medicine(法医学)的DNA解析は「99.5%同一なゲノムの中の、残り0.5%の違い」を武器にする。 ヒト2人のDNA配列は99.5%同一(1,000塩基に1つのSNV、01-1-introduction-to-human-genetics参照)——法医学forensic medicine法医学(forensic medicine)forensic medicine(法医学)はこの個人差individual variation個人差(individual variation)individual variation(個人差)を利用する。特にコピー数copy numberコピー数(copy number)copy number(コピー数)が可変な反復配列repetitive sequence反復配列(repetitive sequence)repetitive sequence(反復配列)領域(VNTR/STRマーカー)はコーディング・非コーディング領域を問わず個人ごとに固有のパターン(DNAフィンガープリント、DNA fingerprint)を示す。
反復配列マーカーの分類
| 分類 | 長さ | 別名 |
|---|---|---|
| ミニサテライトminisatelliteミニサテライト(minisatellite)minisatellite(ミニサテライト) | 約10〜60(100)bp | VNTR(可変数variables変数(variables)variables(変数)タンデム反復tandem repeatタンデム反復(tandem repeat)tandem repeat(タンデム反復)) |
| マイクロサテライトmicrosatelliteマイクロサテライト(microsatellite)microsatellite(マイクロサテライト) | 2〜6(9)bp | STR(短鎖タンデム反復short tandem repeats, STR短鎖タンデム反復(short tandem repeats, STR)short tandem repeats, STR(短鎖タンデム反復)) |
PCR-VNTR解析の手順: ①対象DNA領域を特異的プライマーでPCR増幅、②ゲル電気泳動gel electrophoresisゲル電気泳動(gel electrophoresis)gel electrophoresis(ゲル電気泳動)で分離、③DNA結合色素で染色——各個体固有のバンドパターン(DNAフィンガープリント)が得られる。
DNAフィンガープリント
DNAプロファイル=検査した全染色体マーカーについての個人の遺伝子型。法医学forensic medicine法医学(forensic medicine)forensic medicine(法医学)では通常11〜20マーカーを検査する。
💡 性別判定にはアメロゲニン遺伝子AMELX/AMELYアメロゲニン遺伝子(AMELX/AMELY)AMELX/AMELY(アメロゲニン遺伝子)多型を利用する。 アメロゲニン遺伝子AMELX/AMELYアメロゲニン遺伝子(AMELX/AMELY)AMELX/AMELY(アメロゲニン遺伝子)は両性染色体gonosome性染色体(gonosome)gonosome(性染色体)上に存在するが、Y染色体上のコピーはX染色体上のコピーより6塩基長い——PCR産物の長さの違いだけで性別を判定できる、シンプルだが強力な手法。CODIS(Combined DNA Index System)は米国FBIが運営するDNAデータベースで、2017年以降20種のSTRマーカーを標準として採用している。
症例:犯罪捜査でのDNAフィンガープリント
性的暴行事件の生物学的検体(膣分泌物と精液の混合物)は、差次的溶解法differentiated lysis差次的溶解法(differentiated lysis)differentiated lysis(差次的溶解法)により女性由来細胞画分と男性由来細胞画分に分離できる。13〜16種類の異なるマーカーを用いた場合、容疑者と加害者のDNA型が一致する確率を統計的に算出できる——実例では「容疑者2が加害者でない確率は2.6×10⁻¹⁸」という、地球65億倍規模の人口でようやく起こりうる確率まで容疑を絞り込めた。
⚠️ PCR-VNTR解析結果を読む実技:陽極positive electrode陽極(positive electrode)positive electrode(陽極)・陰極negative electrode陰極(negative electrode)negative electrode(陰極)の向き、2種類のマーカーを使う理由、DNAの可視化法まで問われる。 ゲル電気泳動gel electrophoresisゲル電気泳動(gel electrophoresis)gel electrophoresis(ゲル電気泳動)では①+極・−極の向きを正しく認識する(DNAは負電荷のため陽極positive electrode陽極(positive electrode)positive electrode(陽極)側に移動)、②2種類のVNTRマーカーを使うのは単一マーカーの一致だけでは個人識別personal identification個人識別(personal identification)personal identification(個人識別)の確実性が不十分なため(複数マーカーの一致で偶然chance偶然(chance)chance(偶然)一致の確率を掛け合わせて下げる)、③DNAは無色のためDNA結合色素で染色して可視化する、という3点が実技上の要点。
症例:家族再統合のための親子鑑定
アフリカ出身でデンマークに数年居住する家族が、第4子について家族再統合の申請にあたりDNA検査を要求された——①最初の3子が実子であるかの確認、②第4子がこの家族の一員であるかの確認、という2段階の問いに対し、2つの独立したプローブを用いた解析で結論conclusion結論(conclusion)conclusion(結論)の確実性を高める(1つのマーカーだけでは偶然chance偶然(chance)chance(偶然)の一致・非父性paternal父性(paternal)paternal(父性)の誤判定リスクが残るため)。
まとめ
- ハンチントン舞踏病Huntington choreaハンチントン舞踏病(Huntington chorea)Huntington chorea(ハンチントン舞踏病)の症例は、CAGリピート数と発症年齢の量的相関という分子基盤から、表現促進anticipation表現促進(anticipation)anticipation(表現促進)(世代ごとに発症が早まる)という現象を具体的に理解させる。PCRによるリピート伸長検出とマルチプレックスPCR(複数標的の同時増幅)がその診断技術。
- ヒトゲノムの0.5%の個人差individual variation個人差(individual variation)individual variation(個人差)、特にVNTR/STRという可変反復配列repetitive sequence反復配列(repetitive sequence)repetitive sequence(反復配列)領域が、DNAフィンガープリントとして法医学forensic medicine法医学(forensic medicine)forensic medicine(法医学)的個人識別personal identification個人識別(personal identification)personal identification(個人識別)の基盤になる。アメロゲニンamelogeninアメロゲニン(amelogenin)amelogenin(アメロゲニン)多型による性別判定、CODISの20マーカー標準がその実用例。
- 犯罪捜査・親子鑑定paternity test親子鑑定(paternity test)paternity test(親子鑑定)・家族再統合という3つの実例はいずれも「複数マーカーの一致確率を掛け合わせて偶然chance偶然(chance)chance(偶然)の一致を排除する」という共通の統計的論理に基づく。