Biochemistry · 8/3
ヌクレオチドの構造と機能;食事由来ヌクレオチドの運命;尿酸の生成・排泄とその代謝的役割;プリン・ピリミジンヌクレオチドの合成と分解;細胞増殖抑制薬のヌクレオチド代謝への影響
Structure and function of nucleotides; fate of dietary nucleotides; formation and elimination of uric acid and its metabolic role; synthesis and degradation of purine and pyrimidine nucleotides; effects of cytostatic drugs on nucleotide metabolism — L II
🧠 プリンヌクレオチドpurine nucleotideプリンヌクレオチド(purine nucleotide)purine nucleotide(プリンヌクレオチド)は「デノボ合成de novo synthesisデノボ合成(de novo synthesis)de novo synthesis(デノボ合成)」と「サルベージsalvageサルベージ(salvage)salvage(サルベージ)(再利用)」の2つの入口で作られ、分解は最終的に尿酸に集約される、と読む。 ピリミジンは逆に、まず塩基骨格を作ってからリボースriboseリボース(ribose)ribose(リボース)を付ける点でプリンと合成順序が違う。デノボ合成de novo synthesisデノボ合成(de novo synthesis)de novo synthesis(デノボ合成)の律速酵素rate-limiting enzyme律速酵素(rate-limiting enzyme)rate-limiting enzyme(律速酵素)と、そこを狙う細胞増殖抑制薬cytostatics細胞増殖抑制薬(cytostatics)cytostatics(細胞増殖抑制薬)(葉酸拮抗薬antifolate (folate antagonist)葉酸拮抗薬(antifolate (folate antagonist))antifolate (folate antagonist)(葉酸拮抗薬)〈antifolate〉・代謝拮抗薬Antimetabolites代謝拮抗薬(Antimetabolites)Antimetabolites(代謝拮抗薬)〈antimetabolite〉)の対応関係が臨床の要。食事由来のプリンはほとんど利用されず尿酸として捨てられる点も要点。
ヌクレオチドの構造と機能
ヌクレオチドは、含窒素塩基nitrogenous base含窒素塩基(nitrogenous base)nitrogenous base(含窒素塩基)(プリンまたはピリミジン)+五炭糖pentose五炭糖(pentose)pentose(五炭糖)(リボースriboseリボース(ribose)ribose(リボース)またはデオキシリボースriboseリボース(ribose)ribose(リボース)〈deoxyribose〉)+リン酸基phosphate groupリン酸基(phosphate group)phosphate group(リン酸基)からなる。1
| 役割 | 例 |
|---|---|
| 核酸の構成単位 | DNA・RNA |
| エネルギー通貨ATP is the energy currencyエネルギー通貨(ATP is the energy currency)ATP is the energy currency(エネルギー通貨) | ATP、GTP |
| 補酵素coenzyme補酵素(coenzyme)coenzyme(補酵素)の構成成分 | NAD⁺、FAD、CoA |
| シグナル分子 | cAMP、cGMP |
| 糖・脂質代謝lipid metabolism脂質代謝(lipid metabolism)lipid metabolism(脂質代謝)の活性化中間体 | UDP-グルコース、CDP-ジアシルグリセロールdiacylglycerol (DAG)ジアシルグリセロール(diacylglycerol (DAG))diacylglycerol (DAG)(ジアシルグリセロール) |
食事由来ヌクレオチドの運命
食事中の核酸は消化管でヌクレアーゼ・ホスファターゼ・ヌクレオシダーゼnucleosidaseヌクレオシダーゼ(nucleosidase)nucleosidase(ヌクレオシダーゼ)により分解され、塩基・リボースriboseリボース(ribose)ribose(リボース)・リン酸に分解される。
⭐ 食事プリンのほとんどは体内で再利用されず、尿酸として排泄される。 腸粘膜・組織はプリン塩基purine baseプリン塩基(purine base)purine base(プリン塩基)を積極的に分解する能力が高く、食事由来のプリンヌクレオチドpurine nucleotideプリンヌクレオチド(purine nucleotide)purine nucleotide(プリンヌクレオチド)の寄与は新規合成に比べて小さい。核酸合成nucleic acid synthesis核酸合成(nucleic acid synthesis)nucleic acid synthesis(核酸合成)に必要なヌクレオチドの大部分は、デノボ合成de novo synthesisデノボ合成(de novo synthesis)de novo synthesis(デノボ合成)または体内で分解された塩基のサルベージ経路salvage pathwayサルベージ経路(salvage pathway)salvage pathway(サルベージ経路)由来である。プリン体(内臓・魚卵など)の多い食事が痛風のリスク因子になるのは、この尿酸産生経路を反映する。
プリンヌクレオチドの合成
デノボ合成
プリン環は、リボースriboseリボース(ribose)ribose(リボース)-5-リン酸から出発し、PRPP(5-ホスホリボシル-1-ピロリン酸pyrophosphateピロリン酸(pyrophosphate)pyrophosphate(ピロリン酸))を土台として、その上に段階的に環を組み立てる(他のヌクレオチド合成と違い、塩基を単独で作ってからリボースriboseリボース(ribose)ribose(リボース)に付けるのではなく、リボースriboseリボース(ribose)ribose(リボース)の上で環を作る点が特徴)。
| 段階 | 内容 |
|---|---|
| 律速段階rate-limiting step律速段階(rate-limiting step)rate-limiting step(律速段階) | PRPPアミドトランスフェラーゼ(PRPP→5-ホスホリボシルアミンphosphoribosylamineホスホリボシルアミン(phosphoribosylamine)phosphoribosylamine(ホスホリボシルアミン))。プリンヌクレオチドpurine nucleotideプリンヌクレオチド(purine nucleotide)purine nucleotide(プリンヌクレオチド)(AMP・GMP)によるフィードバック阻害feedback inhibitionフィードバック阻害(feedback inhibition)feedback inhibition(フィードバック阻害)を受ける |
| 最初の完成産物 | IMP(イノシンinosineイノシン(inosine)inosine(イノシン)酸) |
| IMP→AMP | アスパラギン酸aspartateアスパラギン酸(aspartate)aspartate(アスパラギン酸)が窒素供与(アデニロコハク酸adenylosuccinateアデニロコハク酸(adenylosuccinate)adenylosuccinate(アデニロコハク酸)を経由、GTPを消費) |
| IMP→GMP | グルタミンが窒素供与(キサントシン一リン酸xanthosine monophosphate (XMP)キサントシン一リン酸(xanthosine monophosphate (XMP))xanthosine monophosphate (XMP)(キサントシン一リン酸)XMPを経由、ATPを消費) |
💡 AMP合成にはGTP、GMP合成にはATPが必要——これが相互のバランスを取る。 一方のヌクレオチドが豊富だと、そのエネルギーがもう一方の合成に使われるため、AMPとGMPの産生量が自動的に釣り合う仕組みになっている。
サルベージ経路
分解された塩基(プリン塩基purine baseプリン塩基(purine base)purine base(プリン塩基))を、PRPPと直接結合させて再びヌクレオチドに戻す省エネルギー経路。
| 酵素 | 反応 |
|---|---|
| HGPRT(ヒポキサンチンhypoxanthineヒポキサンチン(hypoxanthine)hypoxanthine(ヒポキサンチン)-グアニンguanineグアニン(guanine)guanine(グアニン)ホスホリボシルトランスフェラーゼ) | ヒポキサンチンhypoxanthineヒポキサンチン(hypoxanthine)hypoxanthine(ヒポキサンチン)/グアニンguanineグアニン(guanine)guanine(グアニン) + PRPP → IMP/GMP |
| APRT(アデニンadenineアデニン(adenine)adenine(アデニン)ホスホリボシルトランスフェラーゼ) | アデニンadenineアデニン(adenine)adenine(アデニン) + PRPP → AMP |
⚠️ HGPRT完全欠損はLesch-Nyhan症候群。 サルベージ経路salvage pathwayサルベージ経路(salvage pathway)salvage pathway(サルベージ経路)が働かないと、基質が蓄積してデノボ合成de novo synthesisデノボ合成(de novo synthesis)de novo synthesis(デノボ合成)が過剰になり、高尿酸血症hyperuricemia高尿酸血症(hyperuricemia)hyperuricemia(高尿酸血症)・痛風・自傷行動self-injurious behavior自傷行動(self-injurious behavior)self-injurious behavior(自傷行動)を伴う神経症状を呈する。
プリンヌクレオチドの分解と尿酸
flowchart TD
A["AMP"] --> B["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='inosine'>イノシン</span>(IMPを経て)"]
C["GMP"] --> D["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='guanosine'>グアノシン</span>"]
B --> E["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='hypoxanthine'>ヒポキサンチン</span>"]
D --> F["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='guanine'>グアニン</span> → <span class='jp-term jp-term-diagram' title='xanthine'>キサンチン</span>"]
E --> G["<span class='jp-term jp-term-diagram' title='xanthine'>キサンチン</span><br>(<span class='jp-term jp-term-diagram' title='xanthine oxidase'>キサンチンオキシダーゼ</span>)"]
F --> G
G --> H["尿酸"]
- キサンチンオキシダーゼxanthine oxidaseキサンチンオキシダーゼ(xanthine oxidase)xanthine oxidase(キサンチンオキシダーゼ)がヒポキサンチンhypoxanthineヒポキサンチン(hypoxanthine)hypoxanthine(ヒポキサンチン)→キサンチンxanthineキサンチン(xanthine)xanthine(キサンチン)→尿酸の両段階を触媒する律速的な酵素。
- ヒトは尿酸をさらに分解する尿酸オキシダーゼ(ウリカーゼuricaseウリカーゼ(uricase)uricase(ウリカーゼ)、uricase)を欠くため、尿酸が最終代謝産物metabolite代謝産物(metabolite)metabolite(代謝産物)として排泄される(多くの哺乳類mammal哺乳類(mammal)mammal(哺乳類)はウリカーゼuricaseウリカーゼ(uricase)uricase(ウリカーゼ)でより水溶性の高いアラントインallantoinアラントイン(allantoin)allantoin(アラントイン)まで分解できる)。
⚠️ 痛風は尿酸の溶解度の低さに起因する。 尿酸は水に溶けにくく、血中濃度が上昇すると関節腔joint cavity関節腔(joint cavity)joint cavity(関節腔)で結晶化crystallization結晶化(crystallization)crystallization(結晶化)し、急性炎症性関節炎acute inflammatory arthritis急性炎症性関節炎(acute inflammatory arthritis)acute inflammatory arthritis(急性炎症性関節炎)(痛風発作gout flare痛風発作(gout flare)gout flare(痛風発作))を起こす。アロプリノールallopurinolアロプリノール(allopurinol)allopurinol(アロプリノール)はキサンチンオキシダーゼxanthine oxidaseキサンチンオキシダーゼ(xanthine oxidase)xanthine oxidase(キサンチンオキシダーゼ)を阻害し尿酸産生を抑える治療薬(キサンチンxanthineキサンチン(xanthine)xanthine(キサンチン)・ヒポキサンチンhypoxanthineヒポキサンチン(hypoxanthine)hypoxanthine(ヒポキサンチン)はより水溶性が高く排泄されやすい)。
ピリミジンヌクレオチドの合成
プリンと異なり、ピリミジン環は先に完成させてからリボースriboseリボース(ribose)ribose(リボース)-リン酸を付加する。
| 段階 | 内容 |
|---|---|
| 律速段階rate-limiting step律速段階(rate-limiting step)rate-limiting step(律速段階) | カルバモイルリン酸合成酵素II(CPS-II、細胞質、グルタミン依存)。 尿素回路urea cycle尿素回路(urea cycle)urea cycle(尿素回路)のCPS-I(ミトコンドリア、アンモニア依存)とは別酵素 |
| 環の完成 | オロト酸orotateオロト酸(orotate)orotate(オロト酸)が生成 |
| リボースriboseリボース(ribose)ribose(リボース)付加 | オロト酸orotateオロト酸(orotate)orotate(オロト酸) + PRPP → オロチジン一リン酸orotidine monophosphate (OMP)オロチジン一リン酸(orotidine monophosphate (OMP))orotidine monophosphate (OMP)(オロチジン一リン酸) |
| 脱炭酸decarboxylation脱炭酸(decarboxylation)decarboxylation(脱炭酸) | OMP → UMP(ウリジル酸) |
| UMPから他のピリミジンへ | UMP→UDP→UTP、UTP+グルタミン→CTP(アミノ化)、dUMP→(チミジル酸合成酵素thymidylate synthaseチミジル酸合成酵素(thymidylate synthase)thymidylate synthase(チミジル酸合成酵素)、thymidylate synthase)→dTMP |
⭐ チミジル酸合成酵素thymidylate synthaseチミジル酸合成酵素(thymidylate synthase)thymidylate synthase(チミジル酸合成酵素)反応はテトラヒドロ葉酸tetrahydrofolate (THF)テトラヒドロ葉酸(tetrahydrofolate (THF))tetrahydrofolate (THF)(テトラヒドロ葉酸)を消費する、抗がん剤の主要標的。 dUMP→dTMPの反応でN5,N10-メチレンTHFがメチル基methyl groupメチル基(methyl group)methyl group(メチル基)を供与しジヒドロ葉酸dihydrofolate (DHF)ジヒドロ葉酸(dihydrofolate (DHF))dihydrofolate (DHF)(ジヒドロ葉酸)になる(葉酸はTHFへの再還元が必要、07-04-degradation-of-amino-acids-fate-of-the-carbon-skeleton-role-of-vitamins参照)。
リボヌクレオチド→デオキシリボヌクレオチド変換
DNA合成にはデオキシリボヌクレオチドdeoxyribonucleotideデオキシリボヌクレオチド(deoxyribonucleotide)deoxyribonucleotide(デオキシリボヌクレオチド)が必要。リボヌクレオチド還元酵素ribonucleotide reductaseリボヌクレオチド還元酵素(ribonucleotide reductase)ribonucleotide reductase(リボヌクレオチド還元酵素)がNDP(二リン酸)レベルでリボースriboseリボース(ribose)ribose(リボース)の2’-OHを還元しdNDPを作る。この酵素はデオキシヌクレオチドdeoxynucleotide (dNTP)デオキシヌクレオチド(deoxynucleotide (dNTP))deoxynucleotide (dNTP)(デオキシヌクレオチド)産物によるアロステリック調節allosteric regulationアロステリック調節(allosteric regulation)allosteric regulation(アロステリック調節)を受け、DNA合成に必要な4種のdNTPの供給バランスを保つ。
細胞増殖抑制薬とヌクレオチド代謝
デノボ合成de novo synthesisデノボ合成(de novo synthesis)de novo synthesis(デノボ合成)経路の各段階が、がん化学療法薬chemotherapeutic agent (chemotherapeutic drug)化学療法薬(chemotherapeutic agent (chemotherapeutic drug))chemotherapeutic agent (chemotherapeutic drug)(化学療法薬)の標的になる。
| 薬剤 | 標的 | 機序 |
|---|---|---|
| メトトレキサート | ジヒドロ葉酸還元酵素dihydrofolate reductase (DHFR)ジヒドロ葉酸還元酵素(dihydrofolate reductase (DHFR))dihydrofolate reductase (DHFR)(ジヒドロ葉酸還元酵素) | 葉酸の再還元(DHF→THF)を阻害 → チミジル酸thymidylateチミジル酸(thymidylate)thymidylate(チミジル酸)・プリン合成purine synthesisプリン合成(purine synthesis)purine synthesis(プリン合成)が停止 |
| 5-フルオロウラシル5-fluorouracil5-フルオロウラシル(5-fluorouracil)5-fluorouracil(5-フルオロウラシル)(5-FU) | チミジル酸合成酵素thymidylate synthaseチミジル酸合成酵素(thymidylate synthase)thymidylate synthase(チミジル酸合成酵素) | 代謝拮抗薬Antimetabolites代謝拮抗薬(Antimetabolites)Antimetabolites(代謝拮抗薬)。dUMPの代わりに取り込まれ酵素を不可逆的に阻害 → dTMP合成阻害 |
| 6-メルカプトプリン6-merkaptopurine6-メルカプトプリン(6-merkaptopurine)6-merkaptopurine(6-メルカプトプリン)(6-MP)、アザチオプリンazathioprineアザチオプリン(azathioprine)azathioprine(アザチオプリン) | プリンのデノボ合成de novo synthesisデノボ合成(de novo synthesis)de novo synthesis(デノボ合成)・サルベージ経路salvage pathwayサルベージ経路(salvage pathway)salvage pathway(サルベージ経路) | プリン代謝拮抗薬purine analogsプリン代謝拮抗薬(purine analogs)purine analogs(プリン代謝拮抗薬)。HGPRTで活性化されIMP脱水素酵素IMP dehydrogenaseIMP脱水素酵素(IMP dehydrogenase)IMP dehydrogenase(IMP脱水素酵素)などを阻害 |
| ヒドロキシウレアhydroxyureaヒドロキシウレア(hydroxyurea)hydroxyurea(ヒドロキシウレア) | リボヌクレオチド還元酵素ribonucleotide reductaseリボヌクレオチド還元酵素(ribonucleotide reductase)ribonucleotide reductase(リボヌクレオチド還元酵素) | dNTP産生を阻害しDNA合成を止める |
💡 これらの薬はすべて「急速に分裂する細胞(腫瘍〈tumor〉・骨髄〈bone marrow〉・粘膜〈mucosa〉)」を狙う。 ヌクレオチド合成阻害はDNA複製を必要とする細胞に選択的に影響するため、抗がん剤としての効果と同時に、骨髄抑制・粘膜炎mucositis粘膜炎(mucositis)mucositis(粘膜炎)などの副作用(正常な急速増殖細胞への影響)も説明できる。
まとめ
- ヌクレオチドは核酸・エネルギー通貨ATP is the energy currencyエネルギー通貨(ATP is the energy currency)ATP is the energy currency(エネルギー通貨)・補酵素coenzyme補酵素(coenzyme)coenzyme(補酵素)・活性化中間体として多機能。食事プリンはほとんど尿酸として排泄される。
- プリンはPRPP上でデノボ合成de novo synthesisデノボ合成(de novo synthesis)de novo synthesis(デノボ合成)(律速:PRPPアミドトランスフェラーゼ)されIMP→AMP/GMPに分岐。サルベージ経路salvage pathwayサルベージ経路(salvage pathway)salvage pathway(サルベージ経路)(HGPRT・APRT)は省エネ的再利用で、HGPRT欠損はLesch-Nyhan症候群。
- プリン分解purine degradationプリン分解(purine degradation)purine degradation(プリン分解)はヒポキサンチンhypoxanthineヒポキサンチン(hypoxanthine)hypoxanthine(ヒポキサンチン)/グアニンguanineグアニン(guanine)guanine(グアニン)→キサンチンxanthineキサンチン(xanthine)xanthine(キサンチン)→尿酸(キサンチンオキシダーゼxanthine oxidaseキサンチンオキシダーゼ(xanthine oxidase)xanthine oxidase(キサンチンオキシダーゼ))。ヒトはウリカーゼuricaseウリカーゼ(uricase)uricase(ウリカーゼ)を欠くため尿酸が最終産物、痛風・アロプリノールallopurinolアロプリノール(allopurinol)allopurinol(アロプリノール)の理解の鍵。
- ピリミジンは環を先に作ってからリボースriboseリボース(ribose)ribose(リボース)を付加(CPS-II律速)。dTMP合成は葉酸依存で抗がん剤の標的。
- リボヌクレオチド還元酵素ribonucleotide reductaseリボヌクレオチド還元酵素(ribonucleotide reductase)ribonucleotide reductase(リボヌクレオチド還元酵素)がdNTPを供給し、DNA合成に必要な塩基バランスを保つ。
- 細胞増殖抑制薬cytostatics細胞増殖抑制薬(cytostatics)cytostatics(細胞増殖抑制薬)(メトトレキサート・5-FU・6-MP・ヒドロキシウレアhydroxyureaヒドロキシウレア(hydroxyurea)hydroxyurea(ヒドロキシウレア))はヌクレオチド合成の各段階を狙い、急速増殖細胞を選択的に障害する。
出典
- 1.シラバス項目+標準的生化学(対応講義の一次資料なし)対応講義PDF(Kolev_nucleotide_2022_09_22)は非標準フォントエンコーディングでテキスト抽出できなかった。本ノートに講義スライドそのものの裏付けはない。